Watakatifu hao wa St Mary's, waliotoka sare na Manchester United katika Ligi ya Premia Jumamosi, kwa sasa wanashikilia nafasi ya 18 kwenye jedwali.
Southampton wamethibitisha kufutwa kwake kupitia taarifa, na kuongeza kwamba : "Mchakato wa kumtafuta meneja mpya wa kuipeleka mbele klabu hiyo tayari umeanza."
Mkufunzi msaidizi wa kikosi cha kwnaza Kelvin Davis ataongoza timu hiyo kwa mechi yao dhidi ya Tottenham siku ya Jumatano.
Hughes, ambaye aliwahi kuchezea klabu hiyo ya pwani ya kusini mwa England, alijiunga na Southampton mwezi Machi, miezi miwili baada yake kufutwa kazi na Stoke City.
Southampton walikuwa alama moja juu ya eneo la kushushwa daraja wakati huo na mkufunzi huyo wa miaka 55 alikuwa aliwaongoza kujinusuru kwa kuwawezesha kushinda mechi mbili kati ya mechi zao nne za mwisho.
Hata hivyo, wametatizima msimu huu, na katika kipindi ambacho amekuwa nao, wameshinda mechi tatu pekee kati ya 22 walizocheza ligini.
Kabla yao kutoka sare na Manchester United, Southampton walicharazwa 3-2 na Fulham ambao pia wanakabiliwa na hatari ya kushushwa daraja. Aidha, waliondolewa Kombe la Ligi kwa mikwaju ya penalti na Leicester City.
Pamoja na Hughes, meneja msaidizi wa kikosi cha kwanza Mark Bowen na mkufunzi Eddie Niedzwiecki pia wameondoka klabu hiyo.
Chanzo:Bbc